Tout commence en 1999, lors de recherches scientifiques du Groupe Kirijo. Ces recherches sont basées sur une entité inconnue révélant des phénomènes intéressants et qui promettent un grand avenir pour l'humanité. Cette entité, nous l'avons nommé "Shadow". Notre but était de trouver la source de leurs pouvoirs et de les exploiter afin de manipuler le tissu espace temps et de nous en servir comme source d'énergie. Nous ne nous rendions pas compte de notre folie.

Ils sont apparus durant l'une de nos expériences. Pendant la Dark Hour, heure que nous ne connaissions pas et que peu de personnes connaissent. Pendant cette heure, le monde parvient à un stade d'arrêt réflexe et les humains eux-mêmes sont enfermés dans des cercueils, inconsciemment pour "faire le mort " et donc de se protéger de l'attention des Shadows.
Cette nuit là, un tragique évènement se déroula. Les Shadows devinrent incontrôlables et détruisirent leur prison, se déversant dans le bâtiment et détruisant tout et tuant tous ceux qu'ils croisaient. Ils ne restait plus aucun espoir pour l'humanité, les deux mondes venaient de fusionnés et les Shadows étaient sur le point de s'enfuir. Le temps d'enregistrer un avertissement et un message d'adieu à sa fille bien aimée, Eiichiro Takeba détruisit le labo de recherche et tua en grande partie les Shadows, causant sa propre mort dans l'explosion.

Il n'y eu que deux survivants à cet incident tragique: Takeharu Kirijo, président actuel du Groupe Kirijo et Death, ce qui deviendrait une partie de Nyx.
Aigis fût alors envoyée sur le terrain afin d'éliminer cette abomination. Cet affrontement fut terrible et s'acheva par la défaite de cette arme anti-Shadow. Le monde semblait perdu, mais le destin en décida autrement. Un jeune enfant se tenait sur le lieu de l'affrontement et Aigis tenta un acte désespéré. Elle enferma Death dans le corps de l'enfant, sauvant temporairement le monde de l'arrivée de Nyx.

Dix ans se sont écoulés depuis cette tragédie. Personne ne sût ce qui s'était produit. Désormais, le lycée Gekkoukan est est le théâtre de nombreux phénomènes étranges. Le taux de suicide a considérablement augmenté et une étrange maladie a fait son apparition: le Syndrome d'Apathie, causant de sérieux troubles émotionnels. Des rumeurs circulent en ville sur l'existence d'un site permettant d'exercer des vengeances contre un petit versement.
La Dark Hour est désormais profondément ancrée dans notre monde. Occasionnellement, un homme ne sera pas transmogrifié de cette manière, et deviendra rapidement la proie de Shadows. Celui-ci se vera dépossédé de son esprit et entrera dans un état végétatif, atteint du syndrome d'apathie.
Un petit groupe s'est formé, bien décidé à mettre fin à cette horrible heure cachée ainsi que les agissements de ces abominations: le SEES.

Le monde est en danger. Une bataille est en route. Strega est bien décidé à protéger cette heure dangereuse afin de conserver leurs pouvoirs qu'ils ne voulaient pas, prêtant main forte aux Shadows.

Quel camps allez-vous rejoindre? Aller vous vous opposer à ce fléau afin de sauver l'humanité? Allez-vous conduire ce monde à sa fin? Ou vivrez-vous une vie banale et insouciante? C'est à vous d'écrire la suite des évènements.